Bức tranh Auch ein Anstand (1861) của Zimmermann, miêu tả một buổi đi săn tê giác Java.

Nguyên nhân chính cho việc suy giảm liên tục số lượng loài tê giác Java là việc chúng bị săn bắt để lấy sừng, một vấn đề không chỉ của chúng mà còn có ở tất cả các loài tê giác khác. Những chiếc sừng đã trở thành hàng hóa buôn bán ở Trung Quốc trong hơn 2000 năm qua, bởi họ tin rằng chúng có tác dụng hiệu quả trong y học phương Đông cổ truyền. Trong lịch sử, bộ da tê giác đã được người Trung Quốc sử dụng làm áo giáp; và những người dân địa phương Việt Nam lại tin về khả năng giải trừ nọc độc rắn bằng da tê[30]. Bởi người dân nhiều vùng địa phương nơi tê giác cư trú còn nghèo, nhận thức còn thấp, nên rất khó để thuyết phục họ không giết những động vật dường như vô ích trong y học nhưng lại có thể bán được nhiều tiền[26]. Sau khi Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp (CITES) bắt đầu có hiệu lực năm 1975, loài tê giác Java đã được liệt kê bảo vệ ở Phụ lục 1, có nghĩa là: tất cả các giao dịch quốc tế về tê giác Java và các sản phẩm bắt nguồn từ chúng đều là bất hợp pháp[31]. Những khảo sát về tê giác ở chợ đen đã xác định rằng: sừng của những con tê giác châu Á (tê giác Ấn Độ, Java và Sumatra) có thể đạt tới giá 30.000 USD mỗi kilôgam, tức gấp ba lần so với sừng những con tê giác châu Phi cùng họ[21].

Việc mất đi nơi cư trú bởi ngành nông nghiệp cũng đã góp phần tạo sự suy giảm, dù hiện nay nó không còn là một nhân tố nữa bởi tê giác Java giờ chỉ sống ở hai khu vực bảo tồn quốc gia. Sự suy giảm chất lượng môi trường sống đã ngăn cản việc khôi phục số lượng loài. Cho dù với tất cả các nỗ lực bảo tồn, khả năng tồn tại của chúng vẫn bị đe dọa khốc liệt. Khi quần thể bị giới hạn ở hai khu vực nhỏ, chúng sẽ rất dễ bị bệnh tật và gặp các vấn đề do giao phối cận huyết.

Ujung Kulon

Vườn quốc gia Ujung Kulon tại đảo Java được thành lập vào năm 1980, là nơi tập trung quần thể Rhinoceros sondaicus sondaicus cuối cùng trên thế giới, với khoảng 40-50 cá thể, theo Tổ chức Tê giác Thế giới (International Rhino Foundation) năm 2007[32], và 45-50 cá thể, theo WWF năm 2008[33]. Khu bảo tồn này bao gồm bán đảo Ujung Kulon và một số đảo nhỏ liền kề, được Bộ Lâm nghiệp Indonesia quản lý[14], đã được UNESCO công nhận là di sản thế giới vào năm 1992.

Sau khi bán đảo Ujung Kulon bị núi lửa Krakatoa tàn phá vào năm 1883, những con tê giác bắt đầu xâm lấn trở lại, trong khi đó dân cư nơi đây lại trở nên thưa thớt, vì thế đã tạo một địa điểm trú ẩn an toàn cho chúng[24]. Năm 1931, khi tê giác Java đã đứng trên bờ vực tuyệt chủng ở Sumatra, chính quyền Indonesia đã tuyên bố rằng loài tê giác này là sinh vật được bảo vệ hợp pháp[14], dù thế sự săn bắn trộm vẫn tiếp diễn. Năm 1967, trong một điều tra lần đầu tiên về tê giác Java ở Ujung Kulon, chỉ có 25 con được ghi nhận. Đến những năm 1970-1980, chính quyền mới sử dụng biện pháp nghiêm ngặt hơn với những kẻ săn trộm. Nhờ thế đến năm 1980, số lượng tê giác đã tăng lên gấp đôi và vẫn tiếp tục giữ ở khoảng 50 con cho đến nay. Dù ở Ujung Kulon không có kẻ săn mồi, nhưng tê giác Java vẫn phải cạnh tranh nguồn tài nguyên (thức ăn, nước uống, chỗ ở) với các loài ăn cỏ hoang dã khác, điều này có thể kìm hãm số lượng tê giác dưới sức chứa tối đa của khu vực bán đảo chúng sống[34].

Năm 2006, dấu hiệu về ít nhất bốn con tê giác con đã được các nhà khoa học của WWF khám phá, sự kiện này được coi là một thành tựu đặc biệt trong công cuộc bảo tồn[35].

Ước tính số lượng tê giác tại Ujung Kulon [36]

Năm	1953	1959	1964	1968	1972	1977	1982	1990	1993	1999	2002	2005	2008
Số lượng	30-50	30–40	25–50	20–29	40–48	45–54	40–60	< 50	50	50	50–60	50–60	45-50[33]

Cát Tiên

Đầu tê giác Rhinoceros sondaicus annamiticus đực tại Perak, Malaysia

Vườn quốc gia Cát Tiên tại Đông Nam Bộ, Việt Nam được thành lập vào năm 1992. Cát Tiên vào thời điểm đó có quần thể Rhinoceros sondaicus annamiticus cuối cùng trên thế giới trong khi chúng đã tuyệt chủng bên ngoài Việt Nam. Nằm trên địa bàn ba tỉnh Đồng Nai, Lâm Đồng và Bình Phước, cách thành phố Hồ Chí Minh 150 km về phía Bắc, vườn quốc gia Cát Tiên có đặc trưng là các khu rừng mưa đất thấp ẩm ướt nhiệt đới. Loài tê giác một sừng (tê giác Java Việt Nam) sống tại khu vực Cát Lộc của vườn quốc gia, đã được Sách đỏ Việt Nam xếp vào hạng cao nhất - E (Endangered - Nguy cấp), nhưng vẫn kém hơn so với hạng Cực kỳ nguy cấp của Sách đỏ IUCN.

Dù trước kia đã từng phổ biến trên toàn Đông Nam Á, nhưng sau Chiến tranh Việt Nam, phân loài tê giác Java Việt Nam được coi là đã tuyệt chủng. Những phương pháp sử dụng trong chiến tranh đã tàn phá nghiêm trọng hệ sinh thái của khu vực, ví dụ như sử dụng bom napan, chất độc da cam làm rụng lá, ném bom không kích hay thả mìn. Chiến tranh đã đem tới cho nơi đây hàng loạt những loại vũ khí mà người ta có thể tiếp cận với giá rẻ. Sau chiến tranh, những người dân nghèo, nếu trước kia chỉ dùng hố bẫy, nay lại có những vũ khí gây chết người trong tay, giúp họ trở thành những kẻ săn bắt hiệu quả. Thật bất ngờ khi một con tê giác cái trưởng thành bị bắn chết vào năm 1988. Tin này phản bác giả định rằng tê giác đã tuyệt chủng tại Việt Nam. Năm sau, tức năm 1989, các nhà khoa học đến khảo sát khu rừng miền Nam Việt Nam để tìm dấu hiệu về những con sống sót còn lại đã phát hiện dấu vết mới của ít nhất 15 con tê giác sinh sống trong khu vực dọc sông Đồng Nai.[37] Do mức độ quan trọng của quần thể này nên khu vực chúng sống đã trở thành Khu bảo tồn tê giác Cát Lộc vào năm 1992,[30] sau đó đã sáp nhập vào Vườn quốc gia Cát Tiên năm 1998, tuy nhiên hai khu vực này lại bị ngăn cách bởi các khu đất nông nghiệp.

Dù được con người quan tâm bảo tồn nhưng diện tích cư trú của tê giác vẫn bị xâm lấn 15% vào năm 1990 và con số tê giác còn sống đã giảm xuống chỉ còn 5-8 con vào năm 1999.[38] Theo đánh giá năm 2000, có khoảng 6 nghìn người sống bên rìa khu vực vườn quốc gia, ở các vùng bãi bồi triền sông, môi trường sống ưa thích của tê giác, bắt đầu xâm lấn để trồng lúa, cộng thêm với lực lượng kiểm lâm bảo vệ ít ỏi (dưới 20 người), nên người ta cho rằng tê giác Việt Nam chỉ có thể tồn tại trong vòng từ 3-5 năm nữa.[39] Sau đó cơ quan bảo tồn ước tính chỉ còn 3-8 con tê giác, và có thể không có con đực nào sống sót.[24][35] Loài tê giác đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng. Những nhà bảo tồn tranh luận về cơ hội sống sót của loài tê giác nơi đây; một số người cho rằng nên đem tê giác từ Indonesia sang để duy trì quần thể; những ý kiến khác cho rằng quần thể có khả năng tự phục hồi.[4][40]

Ngày 29 tháng 4 năm 2010, người ta phát hiện một con tê giác đã bị kẻ săn trộm bắn chết tại vườn quốc gia Cát Tiên. Đây được xem là một tin buồn cho ngành bảo tồn học Việt Nam. Quỹ WWF muốn chính phủ Việt Nam điều tra khẩn cấp để tìm ra thủ phạm.[41] Đến tháng 10 năm 2011, Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên cho biết con tê giác đó là con tê giác cuối cùng tại Việt Nam, và hiện tại loài tê giác Java đã tuyệt chủng tại Việt Nam.[42] Quỹ Bảo tồn Tê giác Quốc tế IRF (International Rhino Foundation) cũng đã khẳng định tin này.[43][44]

Ước tính số lượng tê giác tại Cát Tiên [36]

Năm	1989	1991	1993	1998	1999	2001	2005	2007	2011
Số lượng	10-15	8-12	7-9	5-7	7-8	5-8	2-7	4-5[45]	0[43]

Trong điều kiện nuôi nhốt

Một con tê giác Java tại Vườn thú Luân Đôn (từ tháng 3 năm 1874-tháng 1, 1885)

Không có con tê giác Java nào được trưng bày trong một thế kỉ qua. Thế kỷ 19, có ít nhất bốn con đã được trưng bày tại Adelaide, Calcutta và London. Theo các tài liệu có tổng số ít nhất 22 con tê giác Java đã bị nuôi nhốt, nhưng cũng có thể con số này lớn hơn vì nhiều khi nó bị nhầm với tê giác Ấn Độ[46]. Tê giác Java chưa bao giờ sinh trưởng tốt trong điều kiện nuôi nhốt, nhiều nhất có con chỉ sống được 20 năm, bằng một nửa tuổi thọ của loài tê giác trong tự nhiên. Con tê giác Java bị giam cuối cùng chết tại Vườn thú Adelaide của Úc vào năm 1907, lúc đó chúng đang còn được biết rất ít và con vật này đã bị coi là thuộc loài tê giác Ấn Độ[22]. Bởi những chương trình kéo dài và tốn kém trong thập niên 1980 và 1990 với mục đích nuôi những con tê giác Sumatra trong các vườn thú đều thất bại thảm hại, nên những cố gắng bảo tồn loài tê giác Java bằng cách tương tự cũng không chắc chắn thành công[21].